Cấu trúc của Mười điều tâm niệm gồm ba phần:
- Phần một, mô tả về mười nghịch cảnh với các đối tượng và cách đối trị để tất cả hành giả phải giữ chánh niệm và tỉnh thức, nhằm thấy được “mặt mũi” của chúng, nguyên nhân và cách thức đối trị.
- Phần hai là giải pháp đối trị, tìm đối tượng có tính đối lập ở mức độ cao nhất hay hơn để từ vế A của hiện thực khổ đau, ta có được vế B của tâm linh như là kết quả tất yếu của sự hành trì.
- Phần ba là phần khuyến tu như tựa đề chung của tác phẩm Bảo vương tam muội niệm Phật trực chỉ, để giúp ta thấy rõ hiện tính vô thường như bản chất và quy luật của sự vật hiện tượng để từ đó ta không quá bận tâm về những đổi thay liên hệ đến bản thân và tất cả những gì diễn ra xung quanh.