Hiện nay, một nền nông nghiệp bảo đảm được hiệu quả cao và lâu bền, không làm cạn kiệt tài nguyên, suy thoái và huỷ hoại môi trường, không tạo ra khoảng cách lớn giữa người giàu và người nghèo, không làm bần cùng hoá nông dân là khái niệm về một nền nông nghiệp bền vững.
Vấn đề nông nghiệp bền vững ở nông thôn nước ta hiện nay đã được đặt ra và có một số triển khai nhất định, chẳng hạn như việc phát triển hệ sinh thái VAC, chương trình dùng phân vi sinh, quản lý tổng hợp sâu bệnh, trồng khoanh và nuôi rừng, xử lý nước và rác thải. Tuy nhiên, nhiều vấn đề tồn tại về ô nhiễm môi trường, lạm dụng thuốc trừ sâu, thuốc bảo vệ thực vật vẫn còn là vấn đề nhức nhối ở nhiễu nơi, ảnh hưởng đến sức khoẻ của người nông dân và sức khoẻ cộng đồng.
Một trong những vấn đề về nông nghiệp bền vững là việc khai thác và sử dụng hợp lý đất đai, tránh các chất thải và ô nhiễm nước ngấm xuống đất, tránh các hoá chất thuốc trừ sâu sử dụng và thẩm thấu xuống đất quá ngưỡng cho phép, đấy cũng là vấn đề cần quan tâm khi xây dựng một nền nông nghiệp sinh thái bền vững